Si necesitas comparar dos archivos entre sí este programa te vendrá de maravillas, se trata de Beyond Compare 2. Con este software podrás ver las diferencias entre dos archivos a simple vista, yo lo utilizo para poder ver las diferencias entre archivos php para evitar equivocarme sobreescribiendo archivos con versiones viejas.
Con esta aplicación no solo podrás comparar archivos sino que también directorios completos. El precio de Beyond Compare 2 es de 30 USD, pero puede realizar una prueba por 30 días.
Web: Beyond Compare 2