Obviamente que comprimir con PHP nuestros archivos tiene ventajas y desventajas, la ventaja mas clara que veo de cara a una web que ofrece descargas es el ahorro de transferencia, y la principal desventaja y dependiendo lo que queremos comprimir es el uso de CPU que esta tarea puede requerir, queda a criterio de cada uno si utilizar la compresión ZIP o no.
Para comprimir archivos como siempre probé varias alternativas, pero la que mas me gusto es la biblioteca PhpConcept que es totalmente gratuita y de muy sencilla implementación, pueden descargar la desde la web oficial.
En la web tienen una sección muy buena con ejemplos y explicaciones de como implementar estas estupendas funciones, que abarcan prácticamente todo lo que podemos hacer con un zip, obviamente además de comprimir, podemos extraer, agregar y hasta eliminar el zip con una simple llamada a una función.
Lo único es que el sitio esta en francés y la sección de esta biblioteca aun no se encuentra en ingles, pero el código se entiende a la perfección.
Biblioteca PHP para comprimir archivos: PhpConcept